Самое раннее здание на острове Филе представляло собой маленький храм богини Исиды, построенный приблизительно в 370 году до н.э. по приказу фараона Хеперкара Нехтнебеф (Нектанеба I). Он был позже расширен в большой Храм Исиды при последующих правителях, особенно при Птолемее II Филадельфийском (285-246 гг. до н.э.) и Диоклетиане (284-305 гг. нашей эры). Филе был одной из последних оплотов египетской религии, сохраняясь даже спустя два столетия после того, как Римская империя была преобразована в Христианство. Священный остров привлек много греческих и римских паломников, которые приезжали, чтобы молиться о заживлении своих ран у таинственной египетской богини Исиды.Даже после поражения от Императора Флавия Маркиана в 451 году нашей эры, нубийским священникам разрешили поклоняться Исиде в храме на Филе. Храмы Филе были, наконец, закрыты в 535 году нашей эры по приказу Императора Юстиниана. Некоторые из палат были преобразованы для проведения христианских культов, и коптское сообщество жило на острове до того момента, когда началось преобразование местного населения в Ислам. В 18-ом и 19-ом столетиях Филе был известен своей красотой и стал популярной туристической достопримечательностью для зажиточных европейцев. Но после строительства Асуанской Дамбы, остров был погружен в течение большей части года под воду, и Филе начал терять свое очарование. Серая окраска более низкой части храмов все еще содержит упоминание о тех ежегодных погружениях. Когда проект Дамбы стал угрожать тем, что остров Филе будет полностью погружен под воду, храмы были спасены во время большой международной операции по спасению, спонсируемой ЮНЕСКО, которая была проведена между 1972 годом и 1980 годом. Остров Филе был окружен специальной дамбой и осушен, в то время как новый участок был подготовлен на соседнем острове Агилка. Храмы были разбиты на секции и тщательно пронумерованы, затем повторно установлены в тех же самых относительных положениях на Агилка. Две коптских церкви, коптский монастырь, руины Храма Августа, и большие римские городские ворота оставили на тех местах, где они стояли на затопленном острове Филе и не перенесли на Агилка. Их надеются перенести позже.